La struttura svolge la funzione di tutela dell'ambiente attraverso le attività di prevenzione dell'inquinamento del suolo, delle acque e dell'aria. Tale attività è svolta con le competenze relative alle autorizzazioni ambientali in materia di gestione dei rifiuti, di emissioni in atmosfera, di scarichi in corpi idrici e nel suolo. 
Alla struttura accede anche la funzione di tutela e salvaguardia delle risorse idriche e la gestione delle funzioni in materia di bonifica dei siti inquinati.
Sono svolte le funzioni in materia di mitigazione dell'inquinamento acustico e in materia di uso razionale dell'Energia.
Con il Servizio Antinsetti vengono realizzate le campagne di disinfestazione e lotta agli insetti nocivi per l'uomo e per le piante.
Nella struttura sono espletate anche le funzioni in materia di risarcimento dei danni alle colture da parte della fauna selvatica nonché le funzioni in materia di agricoltura, quali rilascio dell'autorizzazione all'acquisto di fitosanitari, il riconoscimento della qualifica di Imprenditore Agricolo e l'autorizzazione all'espianto di ulivi. 
Viene svolta un'attività di protezione della flora e della fauna, oltreché di pianificazione dei parchi e delle riserve naturali.
Viene svolta, inoltre, un’attività di supporto e salvaguardia delle attività agricole.
Nella struttura vengono svolte tutte le attività di competenza dell’Ente in materia di caccia e di abilitazione all’esercizio delle funzioni di guardia giurata volontaria ittico fluviale nelle acque interne e venatoria.
Svolge attività di monitoraggio per la prevenzione del rischio idrogeologico nel territorio metropolitano, di progettazione ed esecuzione degli interventi di riduzione del rischio idrogeologico e le attività di difesa e valorizzazione del suolo.
Esegue attività di progettazione geologica e geotecnica inerenti il territorio e le opere pubbliche di competenza. 
Gestisce il Laboratorio Geotecnico Metropolitano deputato alla caratterizzazione dei materiali, all’esecuzione di prove in situ e monitoraggi strumentali anche con strumentazioni innovative.